Die christlichen Gemeinden des 1. Jahrhunderts sind unsere Wurzeln. Ihre Strukturen und Ziele sind ausführlich im Neuen Testament beschrieben. Nach dem Pfingstereignis wurde aus der Urgemeinde in Jerusalem die Frohe Botschaft (das Evangelium) ins gesamte römische reich getragen. Durch die Arbeit der Apostel (besonders Paulus) und anderer Christen wuchsen rasch selbständige Gemeinden heran. Zwar waren sie miteinander in der Gesinnung verbunden, aber eine direkte kirchliche Hierarchie kannten sie nicht. Man traf sich in Privathäusern, da es noch keine Kirchengebäude gab.
 
Das Evangelium verbreitete sich in verschiedenen Gesellschaftsschichten und Regionen. Dies konfrontierte die christliche Botschaft mit vielen geistigen und religiösen Strömungen und deren Auswirkungen. Außerdem war unklar, welche Schriften man zum neuen Testament zählen sollte, und welche diesem Maßstab nicht entsprachen. Im 2. Jahrhundert führten diese Auseinandersetzungen von einer Verflachung echten geistlichen Lebens hin zu einer vermehrten Betonung von Äußerlichkeiten. Der Amts- und Sakramentgedanke gewann an Ansehen. Im 4. Jahrhundert suchte man unter Kaiser Konstantin ein einigendes Band für das Vielvölkerreich. Deshalb etablierte sich die Staatskirche. Möglichst jeder Bürger des römischen Reiches sollte zur Kirche gehören. Nicht alle Christen akzeptierten diesen Gedanken. Sie lehnten die Vermischung von Staat und Kirche in dieser Form ab. Von da an gab es immer wieder Bewegungen, die eine Erneuerung der Kirche nach neutestamentlichem Vorbild anstrebten. Obwohl sie sich nicht durchsetzen konnten, blieben ihre Ideen in den Herzen mancher Gläubiger lebendig. Auch andere Gruppen, deren Motive nicht unbedingt der Bibel entstammten, wählten den Weg in die Absonderung.
 
Martin Luther
Im Mittelalter bildeten die Waldenser, die auch in Österreich zahlreich vertreten waren, eine von vielen biblischen Reformbewegungen. Im 15. Jahrhundert bereiteten die geistigen (Humanismus und Buchdruck, politischen und sozialen (Bürgertum) Umstände der beginnenden Neuzeit den Boden für eine tiefgreifende Erneuerung, nämlich die REFORMATION. Der Theologe Martin Luther beeinflusste im Jahre 1517 mit der Veröffentlichung seiner 95 Thesen die Geschichte Europas nachhaltig. Seine Übersetzung der Heiligen Schrift machte den Menschen erstmals das Wort Gottes in einer verständlichen und zu Herzen gehenden Sprache zugänglich.
 
Bald entstand neben der evangelischen Kirche lutherischen und reformierten Bekenntnis ein dritter Zweig der Reformation, die so genannte „Täuferbewegung“. Sie vollzog den Schritt zu einer Kirche, die von politischen und staatskirchlicher Obrigkeit unabhängig war. Ihr Vorbild waren die Gemeinden des Neuen Testaments. Jeder, der sich Christus zugewandt hatte, konnte in dieser Gemeinschaft sein Zuhause finden und bezeugte seine Lebenswende durch die Taufe. Dieses bewusste Bekenntnis, sowie die Ablehnung der Säuglingstaufe führten bald zu blutigen Verfolgungen durch die römisch-katholische und die evangelische Kirche. Diese Verfolgung wurde vor allem durch eine extreme Gruppe, die der Täuferbewegung unberechtigt zugeordnet wurde, noch verstärkt. Dennoch wuchsen die Freikirchen weiter. Sie fanden Verbreitung durch die Mennoniten Hollands, Russlands und Amerikas, sowie durch die aus England stammenden Baptisten (17.Jhd.) und Methodisten (18.Jhd.).